En pénétrant dans l'église par l'escalier du baptistère, on découvre le sanctuaire. En forme de croix grecque, il rappelle le plan de très anciennes églises. Le revêtement interne est fait du même matériau qu'à l'extérieur (mais sans sérigraphie) ; il prend une couleur de cuir, comme l'intérieur d'un écrin. Le sol est en ardoise et fait ressortir la pureté du marbre de l'autel (œuvre de Mickaël Prentis en marbre de Tassos). Le lieu est sobre et harmonieux.